Mettete sul fuoco una pentola con l'acqua, il burro, il sale e lo zucchero; quando il burro si sarà fuso e il liquido inizierà a bollire togliete dal fuoco e aggiungete la farina ben setacciata. Mescolate energicamente e rimettete il tutto sul fornello, cuocendo a fiamma bassa e continuando a mescolare con un cucchiaio di legno finchè non si sarà formata un'unica palla e il fondo della pentola inizierà a velarsi con una patina bianca. A questo punto spegnete il fuoco e lasciate raffreddare.

Aggiungete al composto preparato in precedenza le uova intere, che dovranno essere a temperatura ambiente, una alla volta; non aggiungete la seconda finchè la prima non sarò completamente incorporata - se avete una planetaria potete utilizzare il gancio a foglia e vi risparmierete un bel po' di fatica. Mettete l'impasto in una sac a poche con bocchetta liscia e dressatelo su una teglia appena unta d'olio o spruzzata di spray staccante. Fate cuocere in forno a 220° per 15' circa abbassando un po' la temperatura se vedete che i bignè si colorano troppo. Una volta cotti bucateli nella parte inferiore con uno stuzzicadenti e rimetteteli nel forno spento, capovolti, ad asciugare - maneggiateli con delicatezza perchè appena sfornati saranno croccanti e fragili.

Fate scaldare il latte in un pentolino senza farlo bollire. In una ciotola capiente sbattete i tuorli con lo zucchero, la maizena e l'estratto di vaniglia, poi versate a filo il latte continuando a mescolare. Mettete il composto sul fuoco e cuocete a fiamma dolce mescolando continuamente finchè non si addensa. Mettete da parte metà della crema e nell'altra metà fate sciogliere il cioccolato fondente spezzettato. Lasciate raffreddare entrambe le creme coperte con pellicola a contatto.

Mettete le creme in due sac a poche e utilizzatele per farcire i bignè; spolverate con zucchero a velo quelli alla crema e con cacao amaro quelli al cioccolato e servite.